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连接器倒置探针功能特点介绍
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连接器倒置探针功能特点介绍

2018年5月21日
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一种新方法,利用一个连接器倒置探针,它结合了LCR的间隙填充策略用挂锁探针的结构,创建具有完整间隙填充性能的一引物扩增。 PCR中,一个高度选择性的方法,提供了两种度选择性的,由于使用的两个引物。萃丰时代的技术只使用一个引物,但保留二度选择性的,由于其双重检测;靶同源分机站点(ES)和锚固部位(AS)。萃丰时代还采用通用引物扩增一个协议适合所有的时装,以规避对特异性引物,
 
 
作为证明的概念,我们测试萃丰时代上病原体识别与两个不同的系统,保守序列的引物与癌症相关的病毒试剂人乳头瘤病毒(HPV)的基因分型,一个双工两个基因容易发生突变和与关键抗生素抗性密切相关,在淋病奈瑟氏球菌的细菌病原体的扩增。先前开发的焦磷酸测序的协议被用于下游序列验证,连接器倒置探针反应,全体的基本设计特征与最近描述测定中,PathogenMip测定,它包括探针杂交,单的“G”基间隙填充和探针环化,核酸外切酶基于环状DNA的选择,探针通过重新线性化反转,以及通用PCR扩增。该萃丰时代方法的显着和主要特点是涉及由探针和目标形成的广泛的间隙完全填充一个修改的第一反应步骤。
 
 
探针,我们称之为扩展站点(ES)的3'末端,素数为聚合,而5'端作为结扎点和作为锚站点(AS)(图1)被提及。所有4种dNTP目前,该聚合酶是能够延长过去结扎的预期来看,产生假阴性。为了解决这个问题,探针被设计为具有用于AS比ES的高约5度的退火温度。在AS因此块在适当的中间温度(50℃),使用在链置换缺陷聚合酶时DNA延伸。
结合一个完整的间隙填充战略被称为分子倒置探针(MIP)以前检测的成分,创造了多功能强大的一个引物复合扩增体系。作为证明的概念,这个新方法,它采用一个接头倒置探针(萃丰时代),进行了试验,作为病原体的诊断,分型,及耐药性与两个不同的系统筛选遗传工具:ⅰ)一个保守序列的引物系统用于基因分型人乳头瘤病毒(HPV),用于在细菌病原体淋球菌抗生素抗性突变与癌症相关的病毒剂和ii)筛选。我们还讨论了未来的应用和萃丰时代科技的进步,如数字放大和下一代测序方法的整合。此外,我们引入二维信息的条形码的概念,即“多路复用挂锁”蛋白酶(MMPs)。对于读者的方便,我们也从几乎任何新的或已建立引物对提供一个在线教程,用户界面软件应用程序的创建者CIP 1.0.1,支持自定义探测生成。
 
 
自推出PCR ,一个巨大的后代各种技术已经改造,不断扩大我们的分子工具箱。一种这样的技术是多重PCR ,其允许在单管发生多重反应。多重PCR提供了临床管理明显的好处相对于成本,时间,样品需求和污染风险。
 
 
在多重PCR技术的最新进展已经显著。连接酶链式反应(LCR),DNA扩增的另一种方法,使用一种热稳定的连接酶为靶扩增。在间隙-LCR ,热稳定聚合酶也使用,并且被包括的dNTPs以允许侧翼引物的间隙填充,模仿自然的冈崎片段。挂锁探针引入了使用用于DNA靶检测一引物系统的一种新颖的概念,是根据连接酶探针环化和滚环扩增(RCA)。分子倒置探针(MIP),所述挂锁探针的更先进的版本中,包含游芯片检测的分子条形码,单碱基缺口,使单核苷酸多态性(SNP)的检测,基于探测反演和通用引物PCR扩增的指数扩增策略。 MIP自此证实适合作为超高通量方法,表示在等位基因量化和病原体诊断使用潜力。